ในปัจจุบันยังไม่เป็นที่ทราบกันแน่ชัดว่าเชื้อไวรัสดังกล่าวมีจุดเริ่มต้นมาจากที่ไหนหรือเมื่อไหร่[154][155] การวิเคราะห์ในวารสารทางวิทยาศาสตร์ได้เสนอว่าไวรัสไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ เอช 1 เอ็น 1 ซึ่งเกิดการระบาดอยู่ในปัจจุบันนั้น มีการพัฒนามาจากสายพันธุ์ที่ค้นพบเมื่อเดือนกันยายน พ.ศ. 2551 และแพร่สู่มนุษย์เป็นเวลาหลายเดือนก่อนที่จะมีการรับรองอย่างเป็นทางการ และถูกระบุว่าเป็นไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่[154][156]

มีรายงานการค้นพบไวรัสสายพันธุ์ดังกล่าวในเด็กชาวอเมริกันสองคนเมื่อเดือนมีนาคม พ.ศ. 2552 แต่หน่วยงานสาธารณสุขรายงานว่าปรากฏผู้ติดเชื้อรายแรกเมื่อเดือนมกราคม พ.ศ. 2552 ในประเทศเม็กซิโก[157] การระบาดสามารถตรวจพบได้เป็นครั้งแรกในกรุงเม็กซิโกซิตี เมื่อวันที่ 18 มีนาคม พ.ศ. 2552[158] ซึ่งรัฐบาลเม็กซิโกได้ทำการ "ปิดกรุงเม็กซิโกซิตีอย่างมีประสิทธิภาพ"[159] โดยก่อนหน้านี้ เม็กซิโกมีผู้ป่วยกรณีที่ไม่รุนแรงก่อนหน้าการค้นพบอย่างเป็นทางการแล้วหลายร้อยคน และกำลังอยู่ในช่วง "โรคระบาดทั่วเงียบ" จึงส่งผลให้เม็กซิโกรายงานเพียงผู้ป่วยกรณีที่มีอาการรุนแรงซึ่งแสดงอาการของโรคหนักกว่าไข้หวัดใหญ่ธรรมดาเท่านั้น ซึ่งอาจนำไปสู่การคำนวณอัตราการเสียชีวิตที่ผิดพลาด[158]

การรายงานข้อมูลและความแม่นยำ

ข้อมูลการสอดส่องดูแลไข้หวัดใหญ่ "ตอบคำถามที่ว่าไวรัสไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์อะไรกำลังระบาด ระบาดที่ไหน และเมื่อไหร่ มันยังสามารถใช้แสดงผลกิจกรรมของไข้หวัดใหญ่ว่าเพิ่มขึ้นหรือลดลง แต่ไม่สามารถใช้ระบุอย่างชัดเจนได้ว่ามีคนจำนวนเท่าใดที่ติดเชื้อไข้หวัดใหญ่"[160] ยกตัวอย่างเช่น เมื่อปลายเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2552 ข้อมูลการสอดส่องดูแลไข้หวัดใหญ่แสดงให้เห็นว่าสหรัฐอเมริกามีผู้ป่วยที่ได้รับการรับรองจากห้องปฏิบัติการกว่า 28,000 คน โดย 3,065 คน เข้ารับการรักษาตัวในโรงพยาบาล และมีผู้เสียชีวิต 127 คน แต่จากการสร้างตัวแบบทางคณิตศาสตร์ได้แสดงให้เห็นว่ามีชาวอเมริกันติดเชื้อแล้วอย่างน้อย 1 ล้านคน จากการศึกษาของลินน์ ฟิเนลลี เจ้าหน้าที่สอดส่องดูแลไข้หวัดใหญ่กับ CDC[161] ประมาณการผู้เสียชีวิตจากไข้หวัดใหญ่ยังเป็นกระบวนการที่ซับซ้อน ในปี พ.ศ. 2548 มีผู้ที่อาศัยในสหรัฐอเมริกาเพียง 1,812 คน ที่มีไข้หวัดใหญ่เป็นสาเหตุการเสียชีวิต และระบุในใบมรณบัตร อย่างไรก็ตาม ประมาณการผู้เสียชีวิตจากไข้หวัดใหญ่กลับอยู่ที่ราว 36,000 คนต่อปี[162] CDC อธิบายว่า "... ไม่บ่อยนักที่ไข้หวัดใหญ่จะถูกระบุไว้ในใบมรณบัตรของผู้ที่เสียชีวิตด้วยอาการคล้ายไข้หวัดใหญ่" และนอกเหนือจากนั้น "การนับเฉพาะผู้เสียชีวิตด้วยไข้หวัดใหญ่ตามที่ระบุในมรณบัตรจะเป็นการประมาณการที่ผิดพลาดอย่างมากในการศึกษาผลกระทบที่แท้จริงของไข้หวัดใหญ่"[163]

ในการศึกษาการระบาดของไข้หวัดใหญ่ในปัจจุบัน มีข้อมูลการสอดส่องดูแลไข้หวัดใหญ่ที่สามารถเรียกดูได้ แต่ยังแทบจะไม่มีการศึกษาที่พยายามประมาณการจำนวนผู้เสียชีวิตทั้งหมดอันเนื่องมาจากไข้หวัดใหญ่ในสุกร มีการศึกษาสองชิ้นของ CDC อย่างไรก็ตาม ประมาณการผู้เสียชีวิตที่ใหม่ที่สุดระบุว่าอยู่ที่ 9,820 คน (พิสัยระหว่าง 7,070-13,930 คน) โดยนับจากเดือนเมษายนถึงวันที่ 14 พฤศจิกายน พ.ศ. 2552[164] ในขณะเดียวกัน ประกาศจำนวนผู้เสียชีวิตอย่างเป็นทางการจากไข้หวัดใหญ่ในสุกรอยู่ที่ 1,642 คน[165][166] องค์การอนามัยโลกจึงกล่าวว่าจำนวนผู้เสียชีวิตจากไข้หวัดใหญ่ในสุกรที่แท้จริงนั้น "สูงกว่าตัวเลขดังกล่าวอย่างไม่ต้องสงสัย"[15]

การระบาดในช่วงแรกอยู่ภายใต้ความสนใจของสื่ออย่างใกล้ชิด นักวิทยาการระบาดเตือนว่าจำนวนผู้ป่วยที่รายงานในช่วงแรกของการระบาดมีความไม่แม่นยำอย่างมากและสามารถลวงได้ เนื่องจากหลายสาเหตุ เช่น อคติการเลือก อคติของสื่อ และการรายงานที่ผิดพลาดของรัฐบาล ความไม่แม่นยำดังกล่าวยังอาจเกิดจากหน่วยงานรัฐบาลในแต่ละประเทศอาจสังเกตกลุ่มประชากรที่แตกต่างกันด้วย นอกเหนือจากนั้น ประเทศที่มีระบบสาธารณสุขที่มีคุณภาพต่ำหรือมีห้องปฏิบัติการที่ไม่ทันสมัยอาจใช้เวลานานกว่าในการระบุและรายงานผู้ป่วยอีกด้วย[167] ซึ่ง "... แม้แต่ในประเทศพัฒนาแล้ว [จำนวนผู้เสียชีวิตจากไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009] ยังไม่สามารถระบุได้แน่ชัด เนื่องจากหน่วยงานด้านสาธารณสุขมักไม่ค่อยพิสูจน์ผู้ที่เสียชีวิตจากไข้หวัดใหญ่และอาการป่วยคล้ายไข้หวัดใหญ่อย่างจริงจัง"[168] ดร. โจเซฟ เอส. บรีซี และ ดร. มิเชล ที. ออสเตอร์โฮล์ม ชี้ว่ามีผู้ป่วยด้วยไข้หวัดใหญ่ในสุกรหลายล้านคน ส่วนใหญ่แสดงอาการอ่อน ๆ ดังนั้นจำนวนผู้ป่วยที่รายงานจากห้องปฏิบัติการจึงหมดความหมาย และในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2552 องค์การอนามัยโลกจึงหยุดนับจำนวนผู้ป่วยและหันไปให้ความสนใจกับการระบาดขนานใหญ่แทน[169]